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榛属(Corylus L.)植物,为落叶小乔木或灌木,较少为乔木,约有20余种,分布于亚洲、欧洲与北美洲。我国有10个种(变种),主要原生分布在西南地区与东北、华北、西北三北地区[1]。榛属植物种子不但含油丰富,还富含蛋白质、维生素及矿物质元素,为世界“四大坚果”之一,可直接食用,在巧克力、糖果、奶制品及焙烤食品产业中也广泛应用,具有较高的经济价值[2]。我国辽宁省经济林研究所等单位自20世纪60—80年代先后开展了欧榛引种、平榛选育以及平榛与欧榛的杂交育种研究,并于1999年开始选育出了一系列平欧杂交榛子良种,目前已在三北地区与山东、安徽等地推广,填补了国内榛子栽培品种的空白,开启了我国榛子园艺化栽培与产业发展的新时代[2-3]。
四川是榛属植物资源的重要分布区,尽管不同文献记述稍有差异,但国内榛子资源至少有7种在本区域有分布,包括滇榛、川榛、刺榛、毛榛、藏刺榛(C. ferox var. thibetica)、华榛(C. chinensis)、披针叶榛(C. fargesii)[1],主要分布在阿坝州、凉山州、甘孜州及秦巴山区等地,目前国内外仅有少量研究将川榛、滇榛作为试验材料的一部分[4-6]。为了有效的利用这些野生榛子资源,首先需要深入了解其分布状况及遗传基础。
简单序列重复(Simple Sequence Repeat,SSR)分子标记在植物中分布广泛、多态性丰富,且具有共显性、表现稳定等特点,已成为植物群体遗传多样性与遗传结构等研究的有效手段,持续推动了遗传改良进程[7-10]。在榛属植物研究中,美国俄勒冈州立大学Mehlenbacher实验室首先开发出了专用的SSR分子标记[11],目前已广泛应用于榛子遗传多样性、遗传结构分析及遗传图谱构建、亲缘关系研究等方面[12-14],有效推动了榛子资源的培育与利用研究。
本研究使用前期筛选的9对引物[15]分析了目前收集到的川榛、滇榛、刺榛、毛榛、欧榛资源的亲缘关系,以利于下一步杂交育种亲本的选择,并期望最终推动四川榛子资源的良种选育与保护利用。
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选择54份榛子资源参与本项目研究,具体信息见表1,其中欧榛为国外引进资源。采集新鲜叶片,使用变色硅胶干燥,并保存于-80℃冰箱备用。
编号 采集地 参试资源份数 种 A 冕宁 5 滇榛 B 泸定 5 滇榛 M 石棉 5 滇榛 C 茂县 5 川榛 E 盐源 5 滇榛 F 木里 5 滇榛 K 汉源 5 滇榛 L 康定 5 滇榛 J 引进 5 欧榛 N 冕宁 5 刺榛 O 茂县 4 毛榛 总计 54 Table 1. General information of the test hazelnut germplasm resources
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利用9对SSR引物对样品进行分型分析,引物信息、基因组DNA提取、PCR扩增体系、程序与SSR产物电泳分型桐以前研究[15]。遗传参数采用GenAlEx6.51b2软件计算[16],个体Nei’s遗传距离利用NTSYS-pc 2.10s计算、并进行UPGMA聚类分析[17],利用计算的参数对参试榛子群体遗传多样性与亲缘关系进行解析。
1.1. 材料
1.2. 方法
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本文使用SSR分子标记技术对54份榛子资源进行了遗传多样性分析,SSR位点遗传参数见表2。其中,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon's信息指数(I)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别介于2.455~5.000、1.877~4.083、0.667~1.461、0.445~0.818、0.381~0.732之间。平均每个位点扩增出3.596个等位基因,Ch07检测到的平均等位基因数最多、为5.000,Ch03检测到的最少、为2.455。平均有效等位基因数为2.772,其中最多的位点是Ch07、为4.083,而Ch08最少、为1.877。
位点 Na Ne I Ho He F Fis Fit Fst Nm Ch01 3.091 2.285 0.858 0.582 0.478 −0.211 −0.216 0.294 0.420 0.346 Ch03 2.455 1.970 0.669 0.491 0.404 −0.184 −0.216 0.322 0.443 0.315 Ch04 4.364 3.378 1.254 0.782 0.636 −0.242 −0.229 0.115 0.280 0.643 Ch05 4.636 3.721 1.387 0.800 0.718 −0.123 −0.114 0.092 0.185 1.100 Ch06 4.364 3.364 1.268 0.818 0.665 −0.220 −0.230 0.019 0.202 0.987 Ch07 5.000 4.083 1.461 0.736 0.732 −0.009 −0.006 0.164 0.169 1.228 Ch08 2.636 1.887 0.667 0.445 0.381 −0.171 −0.168 0.282 0.385 0.399 Ch09 2.727 2.073 0.767 0.636 0.455 −0.375 −0.400 0.145 0.389 0.392 Ch10 3.091 2.184 0.812 0.505 0.442 −0.107 −0.142 0.293 0.381 0.407 均值 3.596 2.772 1.016 0.644 0.546 −0.180 −0.191 0.192 0.317 0.646 注: Na:等位基因数;Ne:有效等位基因数;I:Shannon's 信息指数;Ho:观察杂合度;He:期望杂合度;F:固定系数;Fis:群体内近交系数;Fit:群体总近交系数;Fst:群体间遗传分化系数;Nm:基因流 Table 2. SSR genetic parameters of total populations
有效等位基因数、杂合度与Shannon’s信息指数反映了群体等位基因分布的丰富与均匀程度[18]。本研究中,11个群体的有效等位基因数介于2.030~3.427之间、均值,观察杂合度范围介于0.467~0.756,期望杂合度变动于0.396~0.678,Shannon’s信息指数范围为0.680~1.296,4个参数的均值分别为2.772、0.644、0.546、1.016(见表2)。基于上述数据,参试的11个榛子群体的遗传多样性处于中等水平,且11个群体中茂县川榛(C)与泸定滇榛(B)群体多样性水平较高,而盐源滇榛(E)与茂县毛榛(O)群体遗传多样性水平较低。
遗传分化系数(Fst)是衡量群体间分化程度的指标,根据Fst值(见表2),参试群体31.7%的遗传变异存在于群体间、68.3%存在于群体内,说明群体间、群体内的变异均是榛子总群体遗传变异的来源。同时Fst>0.25表示群体间的遗传分化很大[19-20],因此本文认为参试榛子总群体间的遗传分化很大,与遗传分化很大相一致,群体间的平均基因流值(Nm)仅为0.646,这也与参试材料包括滇榛、川榛、毛榛、刺榛、欧榛相一致。
同时从各群体来说,观察杂合度均高于期望杂合度(见表3),表明参试的各榛子群体杂合子过剩,群体内有较高的基因交流。
群体 Na Ne I Ho He F %P 冕宁A 3.556 2.377 0.920 0.533 0.487 −0.104 100.00% 泸定B 4.556 3.410 1.260 0.711 0.636 −0.134 100.00% 石棉M 4.111 3.063 1.138 0.600 0.591 −0.009 100.00% 茂县C 4.444 3.427 1.296 0.756 0.678 −0.119 100.00% 盐源E 3.000 2.030 0.765 0.467 0.422 −0.117 88.89% 木里F 3.111 2.751 0.934 0.644 0.528 −0.243 88.89% 汉源K 3.333 2.583 1.003 0.733 0.571 −0.281 100.00% 康定L 3.556 2.768 1.024 0.689 0.556 −0.187 100.00% 欧榛J 3.889 3.123 1.143 0.756 0.604 −0.262 88.89% 刺榛N 3.667 2.914 1.012 0.667 0.533 −0.247 88.89% 毛榛O 2.333 2.044 0.680 0.528 0.396 −0.350 66.67% 均值 3.596 2.772 1.016 0.644 0.546 −0.180 92.93% 注: %P:多态性位点比率,其他同表2 Table 3. Genetic diversity of the test populations
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基于参试个体的遗传距离,分别进行了Population assignment(见图1)分析与主坐标(PCoA)分析(见图2)。Population assignment分析则显示刺榛、毛榛与欧榛为1类,川榛与滇榛为1类。主坐标分析显示榛子资源分为刺榛、毛榛与欧榛、川榛与滇榛3类。说明毛榛与欧榛的亲缘关系较近,川榛与滇榛的亲缘关系也较近。
进一步利用个体Nei’s遗传距离构建UPGMA聚类图(见图3),结果显示相关系数为0.31时,54个榛子种质资源个体可聚类为毛榛、欧榛、刺榛、川榛与滇榛4类。而且从聚类图上可以看出毛榛与欧榛的亲缘关系较近,川榛与滇榛的亲缘关系也较近,与主坐标分析结果相似,也与王艳梅的结果相一致[4]。